Il museo archeologico espone ben 5688 reperti che, ordinati secondo un criterio cronologico e topografico, illustrano la storia del territorio agrigentino dalla preistoria fino alla fine dell'età greco-romana. I materiali provengono dai fondi del Museo Civico, relativi agli scavi archeologici condotti nei primi decenni del secolo scorso, da collezioni private o sono stati ceduti dai musei archeologici di Palermo e di Siracusa.

La parte più consistente delle collezioni è però rappresentata dai reperti rinvenuti dalla Soprintendenza di Agrigento nelle campagne di scavo condotte dagli anni quaranta fino ai nostri giorni .